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BPCells package 安装问题
根据官网的说明，一步步安装，在安装到BPCells这个package的时候，开始出问题，前后折腾了差不多快5天。 现在这里做一个分享： 1. install BPCells package remotes::install_github("bnprks/BPCells") #error: unable to 通过查阅官网发现需要先安装hdf5: “..., before installing BPCells, we must have the HDF5 library installed and accessible Finally, I successfully installed the BPCells package in the Rstuido. ###################### 12192024 update 最近iMac更换之后之前的设置都清空了，所以再次install BPCells package, 我按照上述的步骤，所有流程都跑 了一遍，发现又遇到了新的问题。
2.3K40编辑于 2024-12-20 - 来自专栏单细胞天地
轻轻松松在R里面拿捏这130万单细胞的数据集
就是BPCells这个R包可以通过on-disk storage的方法来读取和存储130万单细胞的数据集，然后Sketching这个方法可以从130万单细胞的数据集里面抽样但是还保留数据集的特性。 安装BPCells包 首先是安装和加载必备的包： remotes::install_github("bnprks/BPCells") # https://api.github.com/repos/bnprks /BPCells/tarball/HEAD library(BPCells) library(Seurat) library(SeuratObject) library(SeuratDisk) library ERROR: configuration failed for package ‘BPCells’ 不同的操作系统有对应的解决方案，就是安装hdf5即可 ： 对应的解决方案 全部搞定了之后就可以轻轻松松加载和使用 BPCells这个R包。
98410编辑于 2024-03-04 - 来自专栏生信技能树
轻轻松松在R里面拿捏这130万单细胞的数据集
就是BPCells这个R包可以通过on-disk storage的方法来读取和存储130万单细胞的数据集，然后Sketching这个方法可以从130万单细胞的数据集里面抽样但是还保留数据集的特性。 安装BPCells包 首先是安装和加载必备的包： remotes::install_github("bnprks/BPCells") # https://api.github.com/repos/bnprks /BPCells/tarball/HEAD library(BPCells) library(Seurat) library(SeuratObject) library(SeuratDisk) library ERROR: configuration failed for package ‘BPCells’ 不同的操作系统有对应的解决方案，就是安装hdf5即可 ： 对应的解决方案 全部搞定了之后就可以轻轻松松加载和使用 BPCells这个R包。
1.5K10编辑于 2024-01-05 - 来自专栏生信补给站
Seurat V5|当单细胞进入百万细胞时代，BPCell 给出一种“解”决参考
这时候Seurat V5通过调用BPCells 也许能给出一个解决方案。 一 R包，数据准备 1，准备BPCells等R包 如果因网络问题出现报错的话，可以在github上下载BPCells的zip文件，然后本地安装 。之后缺少什么包就安装什么包 。 #devtools::install_github(c("bnprks/BPCells")) library(Seurat) library(BPCells) library(ggplot2) # needs 参考资料： https://bnprks.github.io/BPCells/articles/pbmc3k.html https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5
2.6K10编辑于 2023-12-26 - 来自专栏生物信息学_troubleshooting
Seurat v5 安装过程中碰到的问题和解决办法
上周解决了BPCells安装包的问题，以为就可以开始run 正式数据了。结果今天在安装Seurat v5过程中又是问题百出。现总结如下：1. Seurat v5主页推荐的package安装：我尝试了主页推荐的安装方法： install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择 Yes，没有成功安装；选择No就可以安装成功，不过是4.3版本，并不是我想要的v5版本。 ，就可以安装成功。 Matrix安装的问题：上述安装包可以成功安装，但是在library()的时候就出现问题了： “..., unable to load shared object '/Users/jiajia/Library
3.9K40编辑于 2023-11-14 - 来自专栏生信菜鸟团
如何让Seurat_v4和Seurat_v5在R中共存及Seurat_v4转换为Seurat_v5对象
基于我之前已经用V4写过60多篇笔记推文了，也方便大家以后可以继续使用这个代码，所以在此介绍如何安装V5和如何将Seurat_v4对象转换为Seurat_v5对象。 初试Seurat的V5版本 使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 首先是安装 Seurat_v5包 #查看R包的路径 Seurat_V5### install.packages('Seurat') library(Seurat) ##安装依赖包，这几个依赖包比较费时间，不过安装整体还是比较顺利的，没有遇到报错。 addURLs = c('https://satijalab.r-universe.dev', 'https://bnprks.r-universe.dev/')) install.packages(c("BPCells ", "presto", "glmGamPoi")) #我这里并没有安装下面这些包，官方比较推荐。
6.6K12编辑于 2023-12-28 - 来自专栏全栈程序员必看
Jenkins安装_安装
➜ ~ cat /Users/jkc/docker/jenkins/secrets/initialAdminPassword 5809047b5bcd48f19a2097444d468ec7 安装插件 可以使用推荐的安装插件，也可以自定义安装插件 我这里使用推荐插件安装，选择后开始进行安装 设置账号 插件下载完成后，设置admin账户和密码 完成安装，进入首页 发布者：全栈程序员栈长
3K21编辑于 2022-09-19 - 来自专栏linux系统运维
MariaDB安装， Apache安装
：必须先安装gcc包、pcre包、apr与apr-util； 先安装gcc插件包， yum install -y gcc 即可然后就可以安装其他包。 安装apr-1.6.3 cd apr-1.6.3/ ./configure --prefix=/usr/local/apr 安装完以后检查下命令是否正常运行 echo $? make && make install 检查完命令是否正确以后再进行安装 安装apr-util cd /usr/local/src/apr-util-1.6.1/ . /configure --prefix=/usr/local/apr-util --with-apr=/usr/local/apr make && make install 和上面安装apr一样一步一步检查安装 expat-devel包 yum install -y devel.x86_64 （看系统安装32位和64位系统） 安装完expat包以后重新执行make && make install 安装httpd
4.5K20发布于 2018-06-14 - 来自专栏开源部署
MySQL安装-windows安装
windows下安装MySQL 在windows下面安装MySQL 本文以5.7.17为示例 MySQL下载 官网：https://dev.mysql.com/downloads/mysql/ 本次安装的 1D8qVrr7oKgx5-FXwezRZJA 提取码: 1bnh 可视化工具下载链接: https://pan.baidu.com/s/19u6awzxQxHdA2RIFu1IKJA 提取码: pnet 安装 双击安装包 不要着急，需要在该界面等待几分钟 选中 再点击<Next> 选择最下方的<Custom> 再点击<Next> 依次点击<MySQL Servers 点击中间<向右箭头> 仅仅选中如图的两个选项<MySQL Server> <Client Programs> 点击<Next> 点击<Execute> 等待几分钟 继续等待 出现如图绿色小对号说明安装成功 文件，鼠标右键选择<已管理员身份运行> 输入<net start 你mysql实例的名字>启动mysql服务 启动黑屏终端，输入<mysql -u root -p>链接mysql服务 可视化工具安装使用
9.5K10编辑于 2022-08-18 - 来自专栏一个会写诗的程序员的博客
安装 TensorFlow安装 TensorFlow
安装 TensorFlow 我们已在如下配置的 64 位笔记本电脑/台式机操作系统中构建并测试过 TensorFlow： MacOS X 10.11 (El Capitan) 或更高版本 Ubuntu 16.04 或更高版本 Windows 7 或更高版本 也许您能在其他笔记本电脑或台式机系统上安装 TensorFlow，但我们只支持上述配置（且只会修复这些配置中的问题）。 下列指南介绍了如何安装让您可以使用 Python 编写应用的 TensorFlow 版本： 在 Ubuntu 上安装 TensorFlow 在 macOS 上安装 TensorFlow 在 Windows 上安装 TensorFlow 从源代码安装 TensorFlow Python TensorFlow API 的许多方面都已从版本 0.n 升级为 1.0。 安装适用于 Java 的 TensorFlow 安装适用于 C 的 TensorFlow 安装适用于 Go 的 TensorFlow
5.2K20发布于 2018-08-17 - 来自专栏沁溪源
RabbitMQ安装---rpm安装
首先介绍一下个人的安装环境是Linux-centos7； 一、安装和配置rabbitmq的准备工作： 下载erlang： wget http://www.rabbitmq.com/releases 二、安装rabbitmq: 第一步:先搭建rabbitMq必须依赖的环境，即erlang安装 命令：rpm -ivh erlang-18.3-1.el7.centos.x86_64.rpm ? 第二步：安装socat 命令：rpm -ivh socat-1.7.3.2-5.el7.lux.x86_64.rpm ? 注意：如果先安装了rabbitmq，则会出现错误提示信息：在没有先安装socat的情况下安装rabbitmq,如图： ? 以上全部就是成功安装了rabbitMq,如果对大家有帮助，欢迎转载，但请注明出处，希望大家多多支持！
7K40发布于 2020-09-02 - 来自专栏JAVA乐园
linux安装zookeeper安装
1、安装zookeeper，将zookeeper上传到三个服务器，保存在/usr/local/zookeeper目录下，解压tar包 tar -xzvf zookeeper-3.4.6.tar.gz ZOOKEEPER=/usr/local/zookeeper/zookeeper-3.4.6 PATH=PATH:ZOOKEEPER/bin 并执行 source /etc/profile 6、安装成功
65.2K20编辑于 2022-06-30 - 来自专栏java编程那点事
Hive安装Mysql安装
在集群上运行hbase的jar程序时报找不到scan的类库，输入 export HADOOP_CLASSPATH=$HBASE_HOME/lib/*:$CLASSPATH 安装mysql 1.先删除linux mysql57-community-release-el7-8.noarch.rpm： rpm -ivh mysql57-community-release-el7-8.noarch.rpm 安装完后 ，cd /etc/yum.repos.d/ mysql-community.repo mysql-community-source.repo 4.安装mysql service yum install mysql-server 执行y 安装完毕删除 rm -rf mysql57-community-release-el7-8.noarch.rpm 6.启动mysql service mysqld start hive.* TO 'hiveme'@'%'; grant all on hive.* TO 'hiveowner'@'localhost' identified by 'Www_110'; Hive安装
6.3K20编辑于 2023-02-25 - 来自专栏程序猿的大杂烩
MariaDB安装，Apache安装
笔记内容： 11.6 MariaDB安装 11.7/11.8/11.9 Apache安装 笔记日期：2017.9.27 11.6 MariaDB安装 ? 安装MariaDB和安装Mysql的步骤差不多，在这里也是使用二进制免编译包安装。 2.编译安装： ? 安装完成后可以看到apr目录下有4个目录： ? 然后编译安装apr-util-1.6.0包： 1.检查环境： ? 2.编译安装： ? 我这里出现了错误，缺少expat库： ? 那么安装expat库即可： ? 接着再进行编译安装，完成后再验证一下是否成功： ? 安装完成可以看到apr-util目录下有3个目录： ? 安装完成后再继续执行检查环境那一步的命令，最后再验证一下是否成功： ? 编译安装： ? 我这里编译的时候出现了错误： ?
7.9K20发布于 2020-09-23 - 来自专栏全栈程序员必看
Django安装教程_怎样安装ubuntu安装教程
Daozy极限编程出品 第一步：确认已经安装python3和pip % python3 Python 3.9.12 (main, Mar 26 2022, 15:51:13) [Clang 12.0.0 . >>> % pip --version pip 22.0.4 from /usr/local/lib/python3.9/site-packages/pip (python 3.9) 第二步：安装 或者通过浏览器访问： 参考：https://docs.djangoproject.com/en/4.0/intro/install/ 上一课 1.1 Docker安装Django 下一课 1.3
5.7K10编辑于 2022-10-04 - 来自专栏林德熙的博客
在 windows 安装 Jekyll 下载 ps1 文件安装 Chocolatey安装 Ruby安装bundler安装Jekyll
本文告诉大家一个简单的方法在 Windows 安装 Jekyll 下载 ps1 文件 首先需要安装 Chocolatey ，这个工具可以快速安装 Jekyll 先下载Chocolatey，如果无法从这个地方下载 如果不是开发者，请用下面代码 Set-ExecutionPolicy bypass process 安装 Chocolatey 把下载的脚本放到 PowerShell 运行就可以 然后输入下面代码 SET "PATH=%PATH%;%ALLUSERSPROFILE%\chocolatey\bin" 安装 Ruby 使用下面的命令安装 choco install ruby -y 安装bundler \gem install bundler 安装Jekyll 使用下面命令安装 .\gem install jekyll . \gem install jekyll bundler 然后重新打开命令行输入 bundle install 这样就可以安装了，使用下面的代码启动 jekyll new myblog cd myblog
5K10发布于 2018-09-18 - 来自专栏全栈程序员必看
Anaconda如何安装basemap_安装anaconda安装方法
Anaconda下PyTorch的安装分为在线安装和在线安装。 在线安装： 这里默认Anaconda已经是安装好了，打开Anaconda的Prompt。 不过在安装之前需要说明的是，在线安装对网络的要求比较严格，一定要使用有线网，提高安装过程的稳定性，不要使用无线网，可能会出各种各样的问题。 1.设置虚拟环境。 现在可以看到，已经安装完毕了，我们进入python环境，然后输入import torch 和import torchvision验证，如果没有报错的话，就说明安装已经成功了。 如何安装低版本的pytorch？ 踩过的坑： 1.安装过程中遇到进度条不走的时候，点了Enter键 就像下图这样，这个包的安装就会停止，从而转向下一个包的安装。
5.2K20编辑于 2022-11-08 - 来自专栏风吹杨柳
SVN安装---本机安装（1）
首先要准备的资料： 安装包： 我机子是64位的 先安装 Setup-Subversion 很简单的 根据那个操作步骤来 一步一步往下走， 主要是配置路径的时候自己新建一个 不要带有空格和汉字的文件夹 然后就是检测安装是否成功： dos窗口打开：svn --version 比较奇怪的是 命令行有两个 - - 接下来是 创建 仓库 REP
2.9K20发布于 2019-07-05 - 来自专栏Linux运维技术之路
安装：ElasticSearch和Kibana安装
一、安装ElasticSearch ElasticSearch 是基于Java平台的，所以先要安装Java 平台确认 这里我准备了一台Centos7虚拟机, 为方便选择后续安装的版本，所以需要看下系统版本信息 centos 3.10.0-862.el7.x86_64 #1 SMP Fri Apr 20 16:44:24 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 安装 Java 安装 Elasticsearch 之前，你需要先安装一个较新的版本的 Java，最好的选择是，你可以从 www.java.com 获得官方提供的最新版本的 Java。 安装以后，确认是否安装成功： [root@VM-0-14-centos ~]# java --version openjdk 14.0.2 2020-07-14 OpenJDK Runtime Environment minimum_index_compatibility_version" : "6.0.0-beta1" }, "tagline" : "You Know, for Search" } 二、安装
1.3K10编辑于 2024-02-29 - 来自专栏全栈程序员必看
Django 安装_docker安装redis
安装redis 1.使用Homebrew安装Redis brew install redis 执行上述命令后出现以下内容，则成功安装 Download failed: https://mirrors.ustc.edu.cn ，如果我们想让redis后台启动，只需在redis.conf配置文件中将daemonize no改为daemonize yes即可 9.本地redis可视化 如果我们想让redis可视化，我们可以安装
3.3K30编辑于 2022-09-19
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